Oltre alla raccolta generale di musica a stampa, letteratura musicologica e libreria non specialistica ma comunque attinente alla musica, la Biblioteca del Conservatorio possiede tra le diverse collezioni speciali:
• L'Archivio del Teatro Verdi (già Teatro Nuovo) di Padova, una raccolta organica e completa di manoscritti di opere liriche, sinfonie e balli eseguiti al Teatro, tra la fine del Settecento e la prima metà dell’Ottocento.
• Una raccolta di oltre 1200 libretti per musica di opere rappresentate in Italia e nel Veneto in particolare, con datazioni comprese tra il 1797 ed il 1950.
• Il Fondo “Pollini”, che raccoglie il materiale librario-musicale appartenuto a Cesare Pollini (Padova 1858 – 1912), docente e primo direttore dell’Istituto musicale di Padova, poi divenuto Conservatorio di Musica e a lui intitolato.
• Un cospicuo reparto di edizioni e manoscritti rari oltre a numerose collezioni acquisite attraverso lasciti di importanti personaggi della vita culturale padovana tra 8 e 900, tra i quali Luigi Pistorelli, Toni Sorgato, Bruno Barzilai, Carlo Carturan, Paolo Ceccaroli, Max Cassoli. Più recentemente sono stati accolti i lasciti di Sandro Dalla Libera, organista, compositore, musicologo e direttore del Conservatorio, e le donazioni di due ex docenti, Giovanna Borelli, già docente di Storia della Musica, e Filippo Juvarra, per molti anni Bibliotecario del Conservatorio, oltre a diverse donazioni minori che hanno comunque accresciuto il patrimonio della Biblioteca di materiale di grande interesse non solo per la storia musicale locale.
• Una collezione di partiture in Braille, proveniente dalla ex sede staccata “Configliachi”, che per consistenza è la seconda in Italia dopo quella della Biblioteca Italiana per i Ciechi “Regina Margherita” di Monza.
• Una collezione fonografica di circa 5000 unità costituita in gran parte da rari dischi a 78 giri di registrazioni storiche (anni 1920-1950) in molti casi mai riversate su supporti più moderni. In questo fondo sono confluite la discoteca di Paolina Enrichetta (Mimì) Zuccari, e quella, recentemente acquisita, del compositore Aldo Clementi, uno dei principali compositori italiani del secondo Novecento.
• La Biblioteca si occupa inoltre di raccogliere la documentazione audio e video delle produzioni sviluppate dal laboratorio audio (Sound and Music Processing Lab – SaMPL) afferente alla Scuola di musica elettronica del Conservatorio.